Waruga berasal dari bahasa Tombulu, yakni dari kata Wale Maruga yang berarti rumah dari badan yang akan kering. Pertama kali kemunculannya di tafsir pada sekitar abad ke-16 pertengahan. Waruga pertama muncul di daerah bukit Kelewer, Treman dan Tumaluntung Kabupaten Minahasa Utara dan terus berkembang diberbagai daerah di Sulawesi Utara sampai pada awal abad 20 Masehi. Hingga kini, Waruga tetap berdiri dengan kokoh hingga menjadi cagar wisata budaya dengan 144 Waruga menjadi satu dalam sebuah kompleks yang terjaga dengan rapih dan disebut orang Sulawesi Utara dengan Minawanua atau Makawale yang berarti bekas kampung.