Morotai memang identik dengan Perang Dunia, terutama Perang Dunia ke II. Bangsa Jepang kali pertama menggunakan Morotai sebagai pangkalan militer wilayah kekuasaan Asia Pasifik. Pun demikian dengan pasukan sekutu dengan Amerikas Serikat sebagai komando. Morotai pun membuat Museum Perang Dunia II untuk mengenang kejadian tersebut. Museum ini berisi berbagai peninggalan perlengkapan perang, dari mulai tembakan hingga tank.
